同义突变一般被视为一种中性现象,然而它在人类基因组中的具体作用却始终笼罩在一片神秘之中。到了2022年,张建之带领的研究团队取得的突破性成果,引发了广泛的讨论和争议。魏文胜团队近期的研究成果,更是为我们打开了一扇通往深入探究同义突变秘密的新窗口。
遗传密码简并性与突变
遗传密码的结构存在简并性,这表示不同的密码子可能对应相同的氨基酸。因此,并非每个单碱基的变异都会导致氨基酸序列的改变。这一特性在生物遗传信息的传递过程中至关重要,显著减少了基因变异可能带来的风险。比如,在人类和其他生物的基因中,这种简并性为生物体提供了一定的容错余地,进而确保了遗传信息的稳定性。
然而,同义突变难道真的对结果毫无作用吗?这样的疑问引发了我们对于这一现象的思考,使我们认识到有必要对其进行更为深入的探究。这个疑问,正是我们开启深入研究之路的起点。
酵母研究引发争议
2022年,张建之教授率领的密歇根大学研究小组在《Nature》杂志上发表研究成果,提出酿酒酵母中的同义突变可能并非中性,而且,无论是同义突变还是异义突变,都可能对细胞的适应性产生不利影响。这种观点犹如一颗重磅炸弹,完全颠覆了人们对同义突变的传统理解;它引发了科学界的巨大震动;同时,也重新点燃了研究人员对同义突变在生物学领域所产生影响的热情,并促使了广泛的讨论。
人类基因组研究现状
在病毒与原核生物的研究初期,我们发现同义突变可能会对它们的适应性产生影响。然而,对于人类基因组中同义突变的作用,研究还未达到深入的程度。尽管部分同义突变与人类疾病有关联,且在生物信息学分析中被视为癌症可能诱发的因素,但通过实验证实的相关病例并不多见。这种情况表明,对人类细胞内同义突变的广泛研究,迫切需要建立一套标准化的实验程序。这种程序对于研究的深入至关重要。
强大的基因编辑工具
2019年,刘如谦教授成功推出了新一代基因编辑技术,这项技术被命名为先导编辑器,简称PE。紧接着,在2021年,他又推出了该技术的升级版,即PEmax。这项技术就像科研人员手中的一把精确的“手术刀”,极大地丰富了基因组研究的工具库,使得研究人员能够更加深入地探索基因的奥秘。
魏文胜团队的研究
在最新的科研领域突破中,魏文胜所率领的研究小组运用了PEmax系统,成功构建了一个由297900个epegRNA构成的基因库。该基因库对3644个涉及人类蛋白质编码的基因进行了细致的筛选。他们为这项高效筛选技术取名为PRESENT,这一命名为后续研究打下了坚实的基础。将单细胞筛选技术与PRESENT技术相结合,诞生了一种新的技术,名为DIRECTED-seq。这项技术的核心目标是全面分析同义突变对基因表达所产生的影响。
研究成果及意义
张建之团队在酵母菌研究方面的成果与当前的研究存在一定差异。新研究揭示,在适应度效应这一领域,同义突变与不同义突变显现出各自独特的特征。尽管如此,这两种突变在分布上与阴性对照表型呈现出一定的相似性。此外,该团队还成功研发了一种名为DS Finder的机器学习模型。研究表明,同义突变会引起RNA结构形态的改变,这种变化会进一步影响蛋白质的合成过程。以PLK1_S2为例,通过数据分析与模型结合,我们得以预测出那些可能带来临床危害的同义突变。这一发现不仅加深了我们对于同义突变的认识,同时也为临床疾病的研究带来了新的视角和思考。
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